Erdély református vallású fejedelme. Tanult Nagyváradon és Gyulafehérvárt. Részt vett II. Rákóczi György lengyelországi hadjáratában s 1657. júl. 31-én tatár rabságba esett. Kiszabadulása után 1661. szept. 14-én fejedelem lett Erdélyben, s mint ilyen az I. Lipóttól üldözõbe vett magyarországi protestánsoknak állandóan menedéket és segítséget nyújtott.
Általában a protestáns, közelebbrõl a református egyházi érdekeknek mindig buzgó ápolója volt a vallásos lelkû, tudományosan képzett, különösen teológiában jártas fejedelem, akire állandóan jótékony hatást gyakorolt emelkedett lelkû felesége, Bornemissza Anna, kivel 1653 júliusában kelt egybe. A Bethlen-kollégiumot az elpusztult Gyulafehérvárról Apafi helyezte át Nagyenyedre, de azután meg szintén õ telepítette Gyulafehérvárra a sárospataki kollégium bujdosásba kergetett tanárait és tanulóit.
Számos lelkészjelölt volt külföldi egyetemeken az õ alumnusa. Tanintézetek és egyházközségek számtalan ízben részesültek adományaiban, sõt alapítványokat is nyertek tõle. Tekintélyes könyvtárat szerzett s nemcsak elõsegítette egyes mûvek megjelenését, hanem saját maga is foglalkozott irodalommal. Egy bibliakiadás megjelenítését is elõ akarta 1682-ben segíteni s még ezt megelõzõleg tervbe vette annak román nyelvre való lefordíttatását.
